平成31年3月26日から、独立行政法人国立公文書館と連携し、同館の「国立公文書館デジタルアーカイブ」からも香川県立文書館の所蔵資料が検索できるようになりました。これにより、「国立公文書館デジタルアーカイブ」の横断検索のページから、本館をはじめ、国立公文書館や地方公共団体の公文書館等の所蔵資料を横断検索することが可能になりました。